En su tesis sobre las regiones naturales indica que en el Perú existen ocho regiones bien definidas teniendo en cuenta una clasificación hecha sobre la base de sus pisos altitudinales y la flora y fauna que el país alberga.

Cursó sus estudios primarios y secundarios en el Colegio Nacional de Minería en Huánuco.

Tras el receso de la Universidad de San Marcos, tuvo que postular y luego ingresó a la Universidad Católica del Perú ocupando el primer puesto para estudiar Letras.

Se graduó de doctor en Letras en 1939, con la tesis «Introducción al estudio del río Huallaga», en cinco volúmenes.

En 1940, en la Tercera Asamblea General del Instituto Panamericano de Geografía e Historia, el Dr. Javier Pulgar Vidal presentó su tesis: Las ocho regiones naturales del Perú, que marcó una ruptura respecto a la tradición de las tres regiones clásicas: costa, sierra y selva.

Estas filiales se emanciparon a partir de 1962 y dieron origen a las Universidades Daniel Alcides Carrión, Hermilio Valdizán, Federico Villarreal y José Faustino Sánchez Carrión, respectivamente.

Javier Pulgar Vidal diferenció 8 regiones naturales del Perú, según la nomenclatura siguiente: