En la temporada 2010-2011 vuelve a ser segundo de Juan Ignacio Martínez, esta vez en el FC Cartagena.
En 2015, se marcharía a Israel para integrarse en el cuerpo técnico de Slaviša Jokanović en el Maccabi Tel Aviv.
Javier permaneció entre 2015 y 2018 en el Fulham Football Club como segundo entrenador, logrando el ascenso a la Premier League en la temporada 2017-18.
En enero de 2020, el Fulham Football Club anunció su regreso como asistente a la dirección deportiva del equipo.
[3] En la competición doméstica china logra deslumbrar al conseguir la salvación del equipo en el play-off tras cosechar cuatro victorias y dos empates.