Morales fue adquirido por el Real Salt Lake, al mismo tiempo que sus compañeros argentinos Matías Mantilla y Fabián Espíndola.

[1]​ En su segunda temporada con el club de Utah, Morales surgió como un jugador estrella y líder del equipo.

Ese año terminó segundo en asistencias totales, solo por detrás de Guillermo Barros Schelotto, del Columbus Crew.

Durante la temporada baja, Morales firmó una extensión de contrato para mantenerlo en Salt Lake hasta 2012.

Morales comenzó la temporada 2010 de la MLS con fuerza, anotando dos goles y una asistencia contra los San Jose Earthquakes.