Ese mismo año, se tituló campeón del Campeonato Nacional, como también lo hizo en 1991 y 1993 con el club que lo formó.

[1]​ Debutó en la Selección Chilena para el Campeonato Mundial Sub-20 disputado en Chile el año 1987, en que la Roja conquistó el cuarto lugar.

Una década más tarde, junto a varios jugadores de esa misma generación (como Luis Musrri, Fabián Estay, Pedro González, Juan Carreño), llevó a Chile hasta el Mundial de Francia 1998, en el que Javier Margas fue titular indiscutido del equipo dirigido por Nelson Acosta.

Está casado con Giselle Viera y junto a ella tienen 6 hijos.

Tras su retiro del fútbol se convirtió en empresario motelero (empresa que ya venía de las manos de su padre) y participó en el reality show chileno Expedición Robinson, donde fue el cuarto eliminado.