En un intento de volver a logar el ascenso fichó a jugadores de gran renombre, aunque no consiguió el ansiado ascenso.
Siguió siendo propietario y presidente del club hasta finales de 2007.
Tras este episodio dejó el PA y fundó la Agrupación Independiente de Torredonjimeno (AIT) con la cual siguió siendo concejal junto con otro de sus concejales, Antonio Peragón.
Esa misma noche Checa renunció a la alcaldía, aunque siguió siendo concejal hasta 2011.
En ella, Javier Checa y su marido son acusados de dirigir un importante entramado empresarial con el que se realizaban cobros irregulares a empresas mediante estafa y coerción.