Tras trabajar en las tres primeras películas de la Saga Bourne, ésta cambió de director, algo que no sentó nada bien al protagonista que da vida a Jason Bourne (Matt Damon) y que decidió no volver a protagonizar ningún trabajo sobre Bourne hasta que el antiguo director, Paul Greengrass, volviera a ponerse al mando de la saga.

En un hotel, mientras está acorralado, Bourne toma como rehén a una joven, Marie Kreutz, para escapar.

Bourne y Marie descubren que "Jason Bourne" es la identidad tapadera de un asesino a sueldo, y que tanto la CIA como otro asesino a sueldo conocido como Carlos the Jackal tienen interés en él.

Al falso Bourne se le atribuye un asesinato político en el Lejano Oriente que podría, en el peor de los casos, provocar una guerra civil china por la propiedad de Hong Kong.

A medida que la infamia del envejecido Carlos el Chacal se desvanece, decide que hará dos cosas antes de morir: matar a Jason Bourne y destruir las instalaciones KGB de Novgorod, donde el Chacal fue entrenado y luego rechazado.

Después de esto, el Chacal se dirige a su segundo objetivo.

En un enfrentamiento final, el Chacal es conducido a la esclusa de una presa en la que se ahoga y Webb regresa con su familia.

La estratagema funcionó; Webb se acerca a la CIA y es incluido en el programa por Neil Daniels, un supervisor del programa Treadstone, mientras es monitoreado por el Dr. Albert Hirsch, quien supervisa la evaluación médica de los agentes de Treadstone.

Es llevado a un centro de reclutamiento secreto en la ciudad de Nueva York, donde Hirsch ordena que lo torturen durante días (mediante el ahogamiento simulado y la privación del sueño) para quebrar su espíritu y permitir que lo moldeen como un asesino.

Sin embargo, Wombosi está rodeado por sus hijos, y Bourne no puede matarlo.

Intenta abandonar la misión abandonando el barco, pero una persona desconocida le dispara dos veces por la espalda, enviándolo fuera del yate al mar y provocando amnesia, haciendo que Webb / Bourne olvide su identidad.

Las películas conservan los títulos y algunos elementos básicos, pero por lo demás presentan tramas diferentes independientes de las novelas.

Bourne no aparece en The Bourne Legacy, con la excepción de su imagen que aparece en la película, así como breves discusiones sobre cómo ha causado problemas a la organización para la que trabajaba.

Viggo Mortensen estuvo en conversaciones para interpretar el papel de villano.