Málek estudió egiptología en la Universidad Carolina de Praga, donde recibió su doctorado 1969.
Durante la Primavera de Praga, utilizó una invitación a Oxford para residir permanente en el Reino Unido.
A partir de 1968 trabajó como asistente de Rosalind Moss, en la Topographical Bibliography of Ancient Egyptian Hieroglyphic Texts, Reliefs, and Paintings, un libro de referencia que enumera todos los objetos conocidos del Antiguo Egipto con inscripciones jeroglíficas.
A partir de 1971 fue editor y archivero del Griffith Institute.
Málek se casó con la novelista Jane Welsh Jakeman.