El FZB-BH fue creada el 5 de junio del 1991, incorporando el antiguo Jardín Zoológico Sargento Sílvio Hollenbach, estando subordinado a la Secretaria Municipal de Medio Ambiente.
El Zoo se inauguró oficialmente en 1959, aunque ya estaba presente en los planos de la ciudad desde su fundación en 1899.
Para asumir estas tareas el Jardín Botánico posee un gran vivero, con uní área útil de aproximadamente 25.000m², sendo 4.200m² sombreados con tela plástica (sombrite).
Produciéndose unos 120.000 plantones por año, entre especies arbóreas, ornamentales y medicinales.
El Jardín Botánico posee colecciones especializadas, representativas de la flora nativa, presentadas en forma agrupada: