Las colecciones del jardín botánico comprenden unas 15 000 especies botánicas, muchas de ellas amenazadas o en vía de extinción.Está adscrito a la prestigiosa asociación de ámbito francófono « Jardins botaniques de France et des pays francophones » (JBF).Los planes de acondicionamiento se confiaron al paisajista suizo Denis Bülher.En la actualidad, el jardín botánico de Lyon es uno del los más ricos de Europa y el conjunto, formado por parque a la inglesa, jardín botánico y zoológico constituyen el más bonito parque urbano de Francia.Entre ellas son de destacar: Actualmente se puede considerar que 5 al 6% de las especies que se cultivan en el jardín están en la lista roja del IUCN.
