El proyecto del arquitecto Lúcio Costa “Plano Piloto para a Nova Capital”, ya había visto un sitio para el Jardín Botánico y el Jardín Zoológico de Brasilia, para que hubiera soporte a estas fundaciones, fue creada en 1961 la Fundación Zoobotánica del Distrito Federal.
En 1984 Pedro Carlos de Orleans e Bragança fue elegido jefe del Jardín Botánico y empezó los trabajos para su implantación.
La estructura del jardín buscó ser cómodo y natural a la vez.
Hay en el JBB una colección de Jardines Temáticos que permiten conocer la diversidad botánica mundial y como las civilizaciones se relacionan con sus plantas y les adaptan a sus paisajes.
La vegetación de cerrado en el jardín es bien conservada y puede ser apreciada en sus Senderos Interpretativos que son disponibles en las visitas, tanto para caminatas, como para ciclismo, pero principalmente, como dijo Darwin en su Manual Técnico para Jardines Botánicos, para conocer y estimular el visitante al respeto por las plantas y la naturaleza.
Surgió en 1999 como Sector Habitacional Jardim Botânico, creado por el decreto 20.881, cerca de São Sebastião.
El nombre Jardim Botânico es derivado del Jardín Botánico de Brasilia, que está en la región.
Antiguamente el área pertenecía a las haciendas Taboquinha y Papuda.
Es una región conocida por su tranquilidad y algunas características como del Jardín Botánico de Brasilia.