Jancarlos debutó como futbolista profesional en 2001 con el Fluminense FC a los 18 años de edad.
En 2008 fichó por el São Paulo FC, donde jugó durante un año y ganó el Campeonato Brasileño de Serie A en 2008.
En 2009 fue traspasado al Cruzeiro EC, donde volvió a jugar durante una temporada en la que ganó el Campeonato Mineiro y la Copa Bimbo en 2009.
Al finalizar la temporada el Botafogo se hizo con los servicios del jugador, llegando a conseguir el Campeonato Carioca en 2010.
El vehículo en el que viajaba cayó por un acantilado, el jugador fue rescatado, pero finalmente falleció de camino al hospital.