Es miembro y colíder del partido político de izquierda Die Linke.

Entró en el parlamento en 2009 después de haber sido incluido en las listas electorales del partido en Hamburgo.

[1]​ Desde 2009 hasta 2011, Jan van Aken fue vicepresidente del grupo parlamentario de La Izquierda.

[3]​ Además, colaboró con la organización ecologista Greenpeace, asesorando sobre temas relacionados con la biotecnología y la bioseguridad.

Durante su mandato, abogó por la prohibición de las armas biológicas y la reducción del gasto militar.