[1]​ Fue fundado en 1988, tras su escisión del partido Jamiat Ulema-e-Islam (JUI), en el que la sigla F corresponde a su fundador y actual líder, Fazal-ur-Rehman.

En Pakistán, los deobandi poseen una importante influencia en las provincias de Jaiber Pastunjuá, Sind, y Baluchistán.

[3]​ El JUI se volvió más activo bajo la presidencia de Mufti Mahmud (1919–1980) quién asumió su liderazgo en 1962.

[4]​ Junto con JUI, Mahmud también manifestó su rechazo hacia las políticas de modernización del dictador Ayub Khan (1959-1969).

Se ha informado que los talibanes tienen sus orígenes dentro de estas madrasas controladas por el JUI.

Sherani frecuentemente declarado en contra a los esfuerzos legislativos del gobierno, especialmente en aquellos proyectos relacionados con las mujeres.

Ambas facciones del JUI se han unido con frecuencia en una plataforma común, para rechazar los ataques de drones estadounidenses en zonas tribales de Pakistán, viéndolo como una violación a la soberanía del territorio pakistaní.

En asuntos internos, miembros de JUI-F han sido críticos vocales en los cambios sobre leyes contra la blasfemia.

Rehman permaneció en silencio hasta que el partido dejó la coalición gobernante del PPP en diciembre de 2010, donde criticaron las propuestas sobre reformar las leyes contra la blasfemia.

El JUI-F también se ha opuesto a la aprobación de una ley destinada a prevenir la violencia doméstica con sus miembros, prometiendo combatirlo con ''uñas y dientes'' ya que, según ellos, su aprobación ''promovería la cultura occidental en el estado islámico''.

En 2008, se generó una pequeña ruptura dentro de JUI-F, dando paso a una tercera facción, conocida como JUI-N ("N" para Nazryati "Ideológico").