Ese mismo año fue elegido como uno de los comisionados para estudiar la unión con Inglaterra.
En 1599 el Papa Clemente VIII recibió una carta firmada por James VI en la que le pedía que hiciera cardenal a William Chisholm, obispo de Vaison y alabando tanto al Papa como a la fe católica.
Este aseguró que la carta era una falsificación e incluso Lord Balmerino denegó la autoría.
Fue juzgado y aunque no testificó, libró al rey de cualquier responsabiliadd sobre la carta.
Poco después se le permitió regresar a su hacienda en Balmerino, donde murió en 1612.