Mientras filmaba, empezó una relación sentimental con la estrella de la producción, Helen Holmes, con la que se casó.

El matrimonio dejó Kalem y fundó su propia productora, aunque su colaboración cesó cuando se divorciaron en 1925.

McGowan tuvo éxito en la transición del cine mudo al sonoro.

En 1932 dirigió a un joven John Wayne en el serial de 12 capítulos titulado The Hurricane Express.

McGowan es el único australiano nombrado miembro vitalicio del Gremio de directores americanos.