Sus investigaciones abordan principalmente los ámbitos de la teoría y la metodología de la historia, la historiografía, y la enseñanza de la historia.

Rüsen estudió Historia, filosofía, literatura y pedagogía en la Universidad de Colonia.

En 1989 fue transferido a la Universidad de Bielefeld, un importante foco de investigaciones históricas en Alemania de la segunda mitad del siglo XX, a la cual estaban ligados historiadores como Jürgen Kocka, Reinhart Koselleck, y Hans-Ulrich Wehler.

En 1997 fue transferido a la Universidad de Witten a la cual se encuentra vinculado hasta la actualidad.

Rüsen fue director del Centro de Investigaciones Interdisciplinares (Zentrum für interdisziplinäre Forschung) en Bielefeld .