Cuando el peligro de ataque de Napoleón contra la monarquía de los Habsburgo se hizo palpable, se exigió a las familias nobles húngaras que mandasen soldados al ejército, por lo que Esteban Széchenyi se alistó en 1808, ascendiendo rápidamente en la jerarquía militar, acorde con su rango nobiliario.

Esteban Széchenyi conoció en 1824 a la condesa austríaca Crescencia Seilern (1799-1875), quien en ese momento era esposa del conde Carols Zichy (1779-1835), 20 años mayor que ella.

Esos viajes le dejaron claro la diferencia del desarrollo entre el Occidente y Hungría, que había estado ocupada durante 150 años por los turcos otomanos, hasta la última década del siglo XVII.

La derrota de la guerra por la independencia contra los Habsburgo y la represión que siguió le sumieron en una tristeza que le impidió seguir actuando activamente en pro de su patria.

Se suicidó en el manicomio de Döbling en 1860, donde llevaba recluido años, por lo que tuvo un funeral privado.