La comuna comprende la isla homónima, la isla de Sein (en francés: île de Sein, sin guiones), que le dio su nombre, y unos islotes inhabitados.

[3]​ La isla tiene una longitud aproximada de 2,800 km, y tiene forma de S inversa cuya parte central se reduce a 25 m de ancho, mientras las partes más anchas alcanzan 800 m. En la parte este se encuentra el puerto y el pueblo que concentra a la casi totalidad de los habitantes de la isla.

En el siglo XIX, fue sumergida casi por completo por las olas durante las violentas tempestades de 1830, 1868 y 1897, y en las grandes marejadas de invierno las olas a veces invaden el interior de la isla.

Para defender la isla de los ataques del mar, se han construido casi 2,5 km de diques.

Los diminutos campos en los que se cultivaba antiguamente la cebada y la patata, hoy abandonados, se tenían que cercar con muretes de piedra para minimizar el efecto del viento.