Cuatro años después nace Isabelle y es registrada como hija "ilegítima" para evitar reconocer la paternidad del tutor.

[4]​ Aprendió latín y griego, estudió árabe clásico además de leer el Corán con su padre; se volvió fluida en el arábigo gracias a todo esto.

Si bien planeaban reunirse con Augustin, también estaban considerando empezar una nueva vida allí y convertirse al islam, cumpliendo así un antiguo sueño.

Sin embargo, su madre murió repentinamente en Annaba y fue enterrada allí bajo el nombre de Fatma Mannoubia.

[4]​ Vestida como hombre y haciéndose llamar Si Mahmoud Essadi, Eberhardt se sumerge en la cultura árabe con una libertad que de otra forma no hubiera conocido.

La casa, construida de arcilla, se derrumbó sobre la pareja durante la inundación; su marido fue arrastrado pero sobrevivió.

[13]​ Isabelle Eberhardt es mencionada en una canción de Jolie Holland «Old Fashioned Morphine», que aparece en su segundo álbum, Escondida.