[2] Algunas preparaciones utilizadas en los enemas han sido vinculadas a ataques cardíacos y desequilibrios electrolíticos, mientras que equipos preparados erróneamente o mal esterilizados pueden provocar infecciones internas o daño al intestino.
[3] Algunos procedimientos de limpieza de colon utilizan tubos y equipamiento especial para inyectar agua, a veces mezclada con hierbas, o bien otros líquidos al colon a través del recto.
Los promotores de estos procedimientos afirman que las heces se solidifican en las paredes del intestino grueso, y que en ellas se alojan parásitos y bacterias patógenas de la microbiota intestinal, que causan síntomas y una situación general de mala salud.
[4][5] Los microorganismos que habitan el intestino humano median las funciones metabólicas, fisiológicas e inmunes del hospedador.
Además, los estados de enfermedad provocan cambios secundarios en la microbiota intestinal.