En 1977 ayudó a fundar la organización para el desarrollo Concern Universal, y en 1979 comenzó su labor como activista de derechos humanos en la Comisión Internacional de Juristas.

Irene se incorporó al Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Refugiados (ACNUR) en 1980 donde ocupó diversos puestos en la oficina central y en operaciones sobre el terreno para promover la protección internacional de los refugiados.

Fue nombrada jefa de misión del ACNUR en la India en 1995, siendo la representante de país del ACNUR más joven en aquel momento, y en 1998 dirigió el Centro de Investigación y Documentación del ACNUR.

Encabezó el equipo del ACNUR en la ex República Yugoslava de Macedonia durante la crisis de Kosovo en 1999, y ese mismo año fue nombrada directora adjunta de Protección Internacional.

Khan llegaría a un acuerdo confidencial con Amnistía Internacional, Limited, pactándose un finiquito de 533 000 libras (al cambio, 632 000 euros u 866 500 dólares).