Se empezó el estudio del material de fósiles y vertebrados actuales colectados por el profesor austriaco Franz Spillmann.
El primer director fue R. Hoffstetter, quien estuvo al frente del Departamento desde 1946 hasta 1952, período en el cual incrementó la colección paleontológica y realizó numerosas investigaciones, cuyos resultados dio a conocer en sus publicaciones relacionadas con los mamíferos del Pleistoceno del Ecuador.
Efectuó valiosas contribuciones a los diferentes grupos de vertebrados del Ecuador, mediante artículos científicos publicados en revistas extranjeras y en la Revista Politécnica.
Se ha suscrito convenios con el Instituto Smithsoniano, con las fundaciones Conservation Internacional, Jatunsacha y World Wildlife Society.
La Escuela Politécnica Nacional, a través del Museo se encuentra empeñada en contribuir con la educación ambiental, sensibilización y concienciación de los estudiantes y público en general.