El Instituto San Francisco fue fundado por frailes franciscanos radicados en la República de Honduras, miembros de la Orden Franciscana (O.F.M).
La sede académica se encuentra ubicada en la ciudad de Comayagüela, D.C.
El instituto San Francisco logró posicionarse entre lo mejores colegios en la década de los 70, 80 y 90.
Ganando una popularidad a lo largo de toda Honduras.
Después de mucho tiempo en 2016 el instituto desfilo en los desfiles patrios del mismo año logrando gran reconocimiento, destacándose por su excelencia.