Su primer director fue Julio Frenk Mora.

[2]​ En 1989 su sede fue trasladada a Cuernavaca.

[1]​ En 2000 le fue sumado el Centro de Información para Decisiones en Salud Pública, en 2001 el Centro de Investigación en Nutrición y Salud y en 2006 el Centro de Investigación en Evaluación y Encuestas.

En el instituto se realiza un programa académico con actividades de enseñanza y extensión académica, impartiéndose las siguientes especializaciones, posgrados, maestrías y doctorados: El INSP desarrolla la publicación académica arbitrada Salud Pública de México, misma que se encuentra incluida en distintos indexadores internacionales como Scielo.

Entre las encuestas que realiza el instituto para conocer diversas situaciones sobre la salud y las afecciones a las personas en México se encuentran: