Su actual sede, situada en el distrito de Lima, fue inaugurada en 1960 como Gran Unidad Escolar y remodelada en el 2010.
En el año 1962, el prestigioso historiador doctor Jorge Basadre, titular nuevamente del Ministerio de Educación y el mismo Presidente Constitucional doctor Manuel Prado, entregan oficialmente las instalaciones del plantel al director Dr. Luis Ego Aguirre y al subdirector del Colegio, el recordado educador Dr. Eloy Álvarez Castro.
El colegio Hipólito Unanue fue incluido en dicho programa y se empezaron las obras, en las que se invirtieron cerca de 16 millones de nuevos soles.
Mientras tanto, los alumnos recibieron sus clases en las instituciones educativas Julio C. Tello, Pedro Gálvez y John F. Kennedy.
[3][4] Sin embargo, al igual que en el resto de los colegios emblemáticos reinaugurados por el presidente García, se ha cuestionado el hecho que muchas de las obras estén todavía inconclusas.