Una instancia (en inglés, instance) es la particularización, realización específica u ocurrencia de una determinada clase, entidad (modelo entidad-relación) o prototipo.
En un contexto del mundo real, podríamos pensar en "Casa" como una clase y en un chalet como una instancia de esta e incluso otro chalet u otro tipo de casa como puede ser un apartamento como otra instancia.
[1] En este caso no importa el tipo de casa, si fuese de nuestro interés modelarlo y especificarlo, diferenciaríamos entre un chalet y un apartamento con dos clases, entidades o prototipos diferentes, c.f.
En el caso particular de JavaScript, aunque no se puede cambiar el prototipo de un objeto una vez instanciado, sí se pueden cambiar las propiedades y métodos que tiene el prototipo, afectando a todas las instancias (en profundidad) de ese prototipo.
En el caso particular de este lenguaje, en el que todos los objetos son instancias de Object, modificar o añadir métodos a Object tendrá como consecuencia la modificación de esos métodos u objetos en todos los demás objetos que no los hayan redefinido posteriormente, incluyendo los ya instanciados.