Fue fundada en 1996 por Eric Brewer profesor de la Universidad de Berkeley y el estudiante graduado Paul Gauthier.
La empresa fue fundada inicialmente basada en el éxito del mundo real del motor de búsqueda que desarrollaron en la universidad.
Tras el estallido de la burbuja punto com, Inktomi fue adquirida por Yahoo!
En septiembre de 1998 Inktomi adquirió C2B Technologies, añadiendo una tecnología de los motores comerciales a su cartera.
El logotipo de cubo anidada tricolor fue creado por Tom Lamar en 1996.