Se inicia generalmente al sexto mes del ingreso del virus al organismo (después de la infección primaria o síndrome retroviral agudo) donde además se produce la seroconversión (95%).
La respuesta inmunitaria específica contra el virus llevada a cabo, sobre todo por los linfocitos T citotóxicos, y la consiguiente reducción brusca de la replicación viral en la sangre, marcan un momento crítico en la evolución de la enfermedad: el paso de la fase de infección aguda a la fase crónica asintomática.
Es un periodo variable, con una media de 7 a 10 años.
Durante esta fase, el virus y las células infectadas están continuamente presentes en la sangre periférica, la actividad proliferativa viral persiste y alcanza un equilibrio dinámico que estaría limitado por factores relacionados con el huésped o con el virus.
La fase asintomática tiene cuatro posibles resoluciones: