Fue diputada federal en la LXI Legislatura (2009-2012) y más tarde fue elegida presidente municipal del municipio de Cuauhtémoc en el periodo 2012-2015.

[4]​ Con 28 años, fue Presidente Municipal electa y, entre sus principales logros en el cargo, destaca el haber reducido al 50% su sueldo, el de los regidores, miembros del cabildo y los funcionarios de primer nivel en el municipio.

Además, logró entregar equipo de cómputo gratuito a todos los estudiantes de nivel superior del municipio y apoyar con uniformes escolares a todos las niñas y niños y jóvenes desde preescolar hasta la secundaria en sus 3 años como alcaldesa; es decir, en los 3 ciclos escolares.

[6]​ Los daños causados al municipio de Cuauhtémoc gracias a este permuta equivaldrían a más de lo que el presupuesto anual del municipio ha logrado manejar.

Días después tras el descontento ciudadano, la gobernadora presentó una declaración donde se retractaba de la decisión, aceptando haberse equivocado.

Marcando una diferencia de 87 millones con 500 en el presupuesto que se manejo para este programa.

Asimismo se reveló que el hermano de la gobernadora, Arnoldo Vizcaíno Silva presidente del DIF Estatal que sostiene cargo honorario sin retribución de sueldo.

Compró un inmueble dentro del mismo complejo residencial a 3 millones 268 mil pesos.

[13]​ El diputado local, Jesús Dueñas Llerenas mencionó que el Congreso del Estado presentó un punto de acuerdo para exhortar a los funcionarios a comparecer ante la Legislatura para aclarar las circunstancias en las que los funcionarios están envueltos.

[19]​ A las anteriores denuncias se sumaron los dirigentes del PRI (Arnoldo Ochoa), PAN (Julia Jiménez), y PRD (José Alberto Cisneros), presentando denuncias contra la gobernadora por haber desviado dinero, vehículos y recursos humanos a favor de Claudia Sheinbaum.

[22]​[23]​En el 2023, Colima volvió a ser catalogado como la ciudad más violenta del mundo, con una tasa de 140,32 homicidios por cada 100mil habitantes.

Debido a los malos resultados que se han obtenido en materia de seguridad desde que ostento el cargo como gobernadora del Estado, Indira Vizcaíno se ha posicionado como una de los gobernadores con el mínimo de aprobación ciudadana según diferentes encuestas, como C&E Research y Mitofsky.