El club fue fundado en 1929 por un grupo de jóvenes universitarios que retornaban a vivir en Cauquenes.

[1]​ En los años siguientes se afilió a la Asociación Cauquenes, en donde obtuvo varios títulos, y participó en el Campeonato Regional Central Sur, torneo del que fue campeón en 1960.

Tras su ascenso, Independiente logró buenas campañas que lo mantuvo establemente en la división, hasta la temporada 2015, donde obtuvo el primer lugar de la tabla, y logró el ascenso a la Segunda División Profesional y retornó así al fútbol profesional, tras muchos años en el amateurismo.

Aquella campaña fue muy irregular, y los rojos acabaron en la novena ubicación con 37 puntos.

[6]​ Finalmente el caso se solucionó favorable al cuadro rojo.

El Estadio Fiscal Manuel Moya Medel se ubica en la ciudad de Cauquenes, Región del Maule, Chile.