En la temporada 2000-01 Harinordoquy juega con el Pau la European Challenge Cup donde consiguen llegar de nuevo a otra final europea perdiendo nuevamente por 38-9 esta vez ante London Irish, las dos siguientes temporadas en Pau ya no fueron tan brillantes para el equipo verdiblanco en competiciones europeas.

Después de una muy buena campaña europea con una victoria ante Leicester Tigers y contra London Wasps, Biarritz es finalmente eliminado en semifinales contra Stade Français por 20-17 con un ensayo en el último minuto del partido, aunque el equipo vasco se tomó la revancha en la final del top 14 al ganarles en la prórroga por 37-34.

Harinordoquy va siendo conocido en el mundo del rugby no solo por sus condiciones técnicas y físicas sino también por su carácter lo que le lleva a ser nombrado como el vice-capitán no oficial del equipo nacional y es convocado para la Copa Mundial de Rugby de 2003 donde llegaron a semifinales, donde pierden ante Inglaterra por 24-7.

En 2005 se vuelve a ganar otro grand slam en el Torneo de las Seis Naciones.

Siete años más tarde, vendió sus tiendas a un grupo parisino especializado en productos de cuero.