Su infancia transcurrió entre Linz y Viena, donde su familia sufrió la persecución iniciada por los nazis en 1933 contra los judíos.

En 1938 su madre fue despojada de su casa y despedida del trabajo por los nazis.

[3]​ Aichinger comenzó a estudiar medicina en 1945, trabajando al mismo tiempo como escritora.

En su primer relato, Das vierte Tor (La cuarta puerta), escribió sobre su experiencia durante el nazismo.

En 1987 recibió el Europalia-Literatur-Preis, y en 1991 el Groβer Literaturpreis de la Bayerische Akademie der Schönen Künste.