En 1989 debutó con el primer equipo, por entonces en la primera división de la liga yugoslava, jugando diez encuentros en los que anotó cinco goles.

En este período, conquistó cuatro ligas, tres copas y dos supercopas.

Cvitanović jugó un papel fundamental en estos títulos, siendo el máximo goleador de la liga en dos temporadas consecutivas: con 19 goles en la campaña 1995/96 y 20 tantos en la 1996/97.

El verano de 1999 regresó al Dinamo Zagreb, donde permaneció hasta 2002.

Luego, jugó un año en la liga japonesa con el Shimizu S-Pulse y regresó a Croacia para jugar su última temporada como profesional, la 2003/04, en las filas del club de su ciudad natal, el NK Osijek.