Al graduarse, trabajó como médico en Viena donde se hizo amigo de Ludwig van Beethoven y se casó con Wilhelmine Polborn.

Troxler representó a Suiza en el Congreso de Viena en 1815.

Fundó una institución educativa en Aarau y continuó trabajando como médico.

En 1830, se convirtió en profesor de nuevo – esta vez en Basilea – y tuvo que abandonar de nuevo el próximo año debido a problemas políticos.

Se convirtió en profesor en la recientemente establecida Universidad de Berna en 1834 y permaneció allí hasta 1850.