Presenta tres zonas bien diferenciadas: La sacristía, en cuyo altar se guardaba la Santa Forma, la iglesia y el pórtico.
La puerta da a una estancia donde se encuentran las que comunican con la catedral y con la cripta.
El coro se encuentra decorado con una media naranja sobre pechinas dividida por radios con alegorías musicales con diversos instrumentos.
En la parte superior, entre los intercolumnios, se abren varios balcones terminados en arco y techo abovedado, cerrados con balaustrada de mármol.
El acceso principal está en la plaza de San Francisco, aunque también hay una escalera interior que comunica la cripta con la iglesia.