A la profundidad de cinco metros debajo del actual santuario los investigadores anotaron unas anomalías en reflejarse las ondas sísmicas, las cuales indican una posible existencia del techo de la cripta original enterrado a estas profundidad.

[1]​ Justo antes de ingresar a la cripta se encuentra un pozo subterráneo en donde según la tradición toda la Sagrada Familia bebió agua.

En 1164 en el templo fue enterrado otro mártir de la iglesia copta, san Bashnouna (Bashnuna al-Maqari).

El palio de madera sobre el altar del santuario se apoya en cuatro pilares y está adornado con escenas bíblicas, con la imagen del Pantocrátor y el Arcángel Gabriel, entre otros.

Allí también se encuentran fragmentos del original ambón de madera.

Dicho museo fue fundado en 1908 por el líder copto Marcus Simaik, con la aprobación del patriarca Cirilo V, su inauguración tuvo lugar en el año 1910.

Actualmente se puede ver unas manchas más oscuras que parecen ser sangre y una mancha más blanca que sería el lugar donde el dedo del papa Cirilo VI se apoyó.