En 1661 el Patriarca hizo donación definitiva del inmueble a favor de la hermandad.
En 1686 obtuvieron permiso para decir misa en el oratorio privado, en 1694 para sepultar en la casa, en 1695 para erigir una capilla y colocar una campana y en 1703 para que los pobres que llevaran a enterrar a la parroquia tuvieran derecho a la cruz alta en su entierro.
En 1732, con el legado de Francisco Romero Don del Porte, se edificó la iglesia nueva y el alojamiento contiguo, que en 1758 todavía no estaba amueblada, estando la imagen de Nuestra Señora de los Desamparados todavía en la capilla del Hospital de la Santa Caridad, Catalina Romero Eón del Porte a su muerte en 1744 también dejó un importante legado a la cofradía.
Es el único templo donde se encuentran los tres copatrones juntos, estos santos fueron designados en la Ciudad para protegerse en tiempos de la peste negra.
Además podemos encontrar unos pequeños altares con un Nacimiento atribuido a Cristobal Ramos y un Calvario de estilo Genovés del siglo XVII.