La primera iglesia y convento de La Merced fue incendiada en el desastre del pirata Bartolomé Sharp en 1680, sin embargo se reedificó pronto debido a que la orden contaba con productivas rentas y propiedades.

[1]​ En él residían seis religiosos y sus rentas anuales alcanzaban a mil quinientos pesos de la época.

Su estructura o nave principal data de 1709, según consta en una piedra esculpida en su frontis en la parte cubierta por la torre.

Hacia mediados del siglo XIX su cielo estaba decorado con una artesonado exquisitamente trabajado, cubierto de perillas torneadas que descendían del centro en simétricos dibujos formados por doradas molduras.

Su antigua campana fue fundida en 1851 durante el Sitio de La Serena para fabricar balas.