Los mozárabes probablemente fueron perdiendo importancia numérica al aumentar la población musulmana, ya que en 1186 las tropas de Alfonso VIII encontraron la iglesia en ruinas; en los años siguientes los castellanos comenzaron a reconstruirla y ampliarla, hasta que en 1196 los almohades la incendiaron hasta su destrucción total.

[2]​[4]​ Durante la Guerra Peninsular el templo quedó en ruinas, por lo que fue desamortizado y se le dio un nuevo uso como corral hasta el siglo XX.

[7]​ La obra se alargó durante cuatro años y consistió en restaurar la parte mejor conservada de la iglesia eliminando los elementos posteriores sin valor histórico, al mismo tiempo que se construía un nuevo edificio para el centro cultural; esto último recibió críticas, ya que separaba a la iglesia de su entorno.

[11]​[12]​[13]​[14]​ Además de esto, se habilitaron salas que fueron utilizadas con cierta frecuencia en los años posteriores para usos temporales como exposiciones, conferencias, teatro y cine.

Durante estos años también se llevaron a cabo obras menores de mantenimiento.

[21]​[22]​[23]​[24]​[25]​[26]​ Respecto al patrimonio histórico existente actualmente, tras las restauraciones se han mantenido dos ábsides de los tres que tenía originalmente el templo, en torno a los cuales se albergan los demás restos medievales como el cementerio y el silo.