[2][3][4] Hubo problemas entre la administración de Pere Just y el Obispado, por lo que el convento nunca llegó a pasar a manos de las carmelitas, y más tarde, con la desamortización, parte del edificio del convento pasó a manos privadas y otra parte se donó a la Congregación de los Ancianos Desamparados de Valencia.
Eso hizo que parte del convento pasara a diversos usos como hostal o caballerizas por ejemplo, lo cual supuso un gran deterioro del mismo.
Entre las obras que se realizaron para adaptar el templo al culto, se derribó parte de la antigua fachada y el coro, que pasó a edificarse otro coro nuevo a los pies del templo al que se accedía por una nueva escalera.
Sobre el crucero la cúpula trasdosada, apoyada sobre pechinas y tambor sin cuerpo de luces, cubierta con teja vidriada.
[4] El cronista oficial de Nules, Vicente Felip Sempere donó a la iglesia de la Inmaculada siete pinturas religiosas:[5] Además la iglesia presenta una espadaña con tres huecos de diferente altura, en el que en el superior por una campana restaurada a principios del siglo XXI por la empresa 2001 TÉCNICA Y ARTESANÍA S. L.[6][7][8]