La iglesia de Santo Tomás Apóstol es un inmueble del concejo español de Margarita, en la provincia de Álava.

El edificio se encuentra en el concejo español de Margarita, en el municipio de Vitoria, perteneciente a la provincia de Álava, en la comunidad autónoma del País Vasco.

[1]​ Se menciona como iglesia parroquial del lugar en el undécimo volumen del Diccionario geográfico-estadístico-histórico de España y sus posesiones de Ultramar de Pascual Madoz, donde aparece descrita con las siguientes palabras: «igl.

Tomás Apóstol) servida por 2 beneficiados, uno de ellos con título de cura, de presentacion del cabildo; cementerio contiguo á la igl.».

[1]​ Décadas después, ya en el siglo XX, Vicente Vera y López vuelve a reseñarla en el tomo de la Geografía general del País Vasco-Navarro dedicado a Álava de la siguiente manera: «Tiene una parroquia rural de segunda, dedicada á Santo Tomás, perteneciente al arciprestazgo de Armentia».