Fue Juan Pizarro, hermano del conquistador, quien cedió a la congregación el terreno del templo aborigen, luego de haberlo recibido en la repartición de solares ocurrida en octubre de 1534.
Su construcción le llevó varios años a esta comunidad, siendo finalmente consagrada oficialmente en 1633.
En 1650 el terremoto le causó graves daños a la infraestructura del convento, quedando intacto el incaico Coricancha.
Luego del terremoto de 1950, la iglesia de Santo Domingo fue el templo cusqueño que más graves daños sufrió en la ciudad.
Esta Iglesia de tres naves cuenta con una cúpula, una bella sillería para el coro tallada en cedro, estando adornados los muros con azulejos sevillanos.