Siglos después, la iglesia, salvo la parte superior la torre, se salvó del destrozo bélico que afectó a Villamuriel en 1520, cuando el alcázar contiguo a la misma, usado desde largo tiempo atrás por los obispos palentinos como residencia estival, fue asaltado y destruido en el curso de la levantamiento comunero y rigiendo la prelatura de Pedro Ruiz de la Mota, limosnero particular del emperador Carlos V y por lo tanto enemigo de los comuneros.

Restaurado en años recientes, el templo permanece abierto todos los días para su visita, que puede realizarse salvo en horario de culto.

En el ábside y en el testero norte del transepto se conservan tres garitas esquineras desprovistas de almenas, que aunque no funcionales refuerzan la sensación defensiva y militar del templo.

La verticalidad del edificio es acentuada en el exterior por la recia torre situada a los pies y orientada al norte, en la que se aprecian dos partes: la inferior, formada por los tres primeros cuerpos, que en origen era construcción tardorrománica, como delatan los arquillos abocinados cegados, pero que fue rehecha y seguramente elevada en tiempos del obispo Pedro de Castilla y de Eril (1439–1464), y más tarde, hacia 1524, por el obispo Antonio de Rojas, que reconstruyó las partes derribadas por los comuneros.

La parte de construcción más reciente es el cuerpo superior que aloja el campanario, realizado a finales del siglo XVI en estilo herreriano, con sus característicos remates piramidales y embolados.

El Retablo Mayor responde al modelo hexástilo, con predela, cuerpo de tres calles y ático semicircular.

Esta talla, ricamente ataviada y con el Niño en brazos, se muestra hoy exenta.