Consta que en el siglo XVI la Capilla quedó sin culto y pasó a utilizarse como granero, motivando la intervención del Obispo de Calahorra para impedirlo en 1532.
En la actualidad funciona como parroquia independiente de la Catedral -la cual no celebra culto y pasa por una prolongada fase de rehabilitación-, no obstante portar su misma advocación, Santa María.
En el costado meridional se abren dos amplios ventanales, con tracería en la que se combinan los arcos apuntados y los triángulos curvilíneos, organizándose en el centro de la tracería un gran rosetón en forma de cuadrado curvilíneo en cuyo interior se dispone una cruz griega, con cuatrifolios, trifolios y triángulos curvos, todo dentro de la tradición del siglo XIV y recordando poderosamente al estilo gótico mediterráneo, el catalán particularmente.
La puerta de acceso principal, desde la calle, es muy sencilla, en arco apuntado, arquivoltas molduradas y tímpano, que quedó sin decoración escultórica, con tracería.
Su único cuerpo acoge las imágenes del Sagrado Corazón de Jesús, la Virgen María y San José con el Niño.