Aquí celebraban sus juntas los miembros del linaje de Santa Cruz, uno de los doce troncales, aquí se enterraban y en su entorno se hallaban sus casas solariegas.
En el siglo XVI era todavía iglesia importante con suntuosos enterramientos, pero un siglo más tarde la iglesia estaba ya agregada a San Pedro, por hallarse con pocas rentas, muy maltratada y desierta.
A mediados de ese mismo siglo todavía quedaban restos a la derecha del camino que sube de la colegiata a la ermita del Mirón,[1] Así se refleja también en el posible que Ramírez Rojas llegara a ver todavía algún paramento entre las ermitas e iglesias abandonadas que ubica, de forma genérica en las laderas del Mirón.
Hoy todavía conserva aquel camino el nombre, delimitando por poniente un modesto barrio cuya casa más septentrional debe coincidir con el solar de la iglesia.
Se sabe que la reliquia de la Santa Cruz regresó a Soria en 1522, cuando el Papa Adriano VI la requirió para venerarla devolviéndola al año siguiente.