La utilización de este espacio para el nuevo culto estuvo pocos años vigente, pues en 1523 Rodrigo Hernández tasaba la obra de una pequeña iglesia realizada por Alonso Lanjaroní, continuando la misma construcción en 1526 por este maestro albañil y con la carpintería a cargo del maestro Castillo.

Este primer templo debió quedar pequeño o en ruina a poco de su edificación, razones por las que se decide la nueva y actual construcción ya que en 1561 figura Alonso Villanueva como maestro albañil de la iglesia del barrio Bajo, cuyo proceso se desarrolla entre 1560-1565.

La iglesia responde a la tipología de templo mudéjar extendida por la provincia a partir de 1540, con nave única y cabecera plana, derivada del modelo desarrollado por las órdenes mendicantes urbanas en la Edad Media.

Un arco toral muy rebajado da paso a la capilla mayor cuya planta rectangular está cubierta con armadura ochavada sobre pechinas, recubierta con decoración de lazo y dos piñas de mocárabes en el harneruelo, elementos que se repiten en las cuatro pechinas.

Presenta el paramento enjalbegado estableciendo un contraste cromático con los aleros sobre canes, e impostas, pintados de almagra.

El programa ornamental exterior se limita a las dos portadas de ingreso al edificio, situadas, una, a los pies del templo y otra en el lado del Evangelio, ambas realizadas en fábrica de cantería en piedra arenisca.

Los equinos de las pilastras cajeadas, en este caso se enriquecen con ovas y dardos, motivo que se repite en el alero de la cornisa, coronada por un cimacio muy desarrollado.

Los dos primeros presenta el paramento cerrado a excepción de pequeños vanos rectangulares.

Su estructura arquitectónica se basa en la superposición de órdenes, jónico en el cuerpo inferior y corintio en el superior, con columnas de fustes estriados en sus dos tercios que soportan su propio entablamento que separan los dos cuerpos y las tres calles.

El conjunto se enmarca con una pintura al fresco que finge un pabellón a manera de manto carmesí forrado de armiño, abierto con cortinas recogidas a ambos lados.

El frontal de altar del retablo está realizado entre 1600-1649, en mármol desbastado y tallado.

Presenta un amplio arco de medio punto coronado con penacho superior.

Muestra el paramento con rica decoración de rocallas, pilastras y elementos vegetales.

La hornacina central está flanqueada con estípites y entablamento superior, muy movido, que da paso al ático.