Aproximadamente desde 1436 existió en el municipio una hermandad de San Nicolás, considerado patrono y abogado de los navegantes, numerosos en el municipio antes del descubrimiento de América debido al comercio con el norte de Europa, la conquista de las islas Canarias y las expediciones por las costas de África.

Esta cofradía tenía su sede en la iglesia mayor.

En torno a 1700 la hermandad decidió levantar un nuevo templo más amplio puesto que la antigua ermita, compuesta por un cañón pequeño y bajo, coro, sacristía y vivienda, se veía afectada por el arroyo de San Blas y Santa Brígida.

Las obras se paralizaron en los cimientos hasta los años 1738 y 1739, en que se prosiguieron hasta las cornisas a expensas de Diego de Arizón, hermano menor del I marqués de Casa Arizón, quedando de nuevo paralizadas hasta 1750, en que Felipe del Villar y Mier, regidor de la ciudad y administrador de la Real Aduana, y Manuel Rodríguez Pérez, vecino acomodado, aportaron capital para terminar la iglesia, junto a las limosnas del pueblo, terminándose el templo en 1754.

La iglesia albergaba en su interior el Cristo de las Aguas, sacado en procesión en época de sequía, y en ella radicaban la Hermandad del Rosario de Nuestra Señora de las Aguas y la Cofradía de Esclavos del Santísimo Sacramento.