Hubo otra iglesia con la advocación de San Miguel situada en las laderas del cerro del Castillo, denominada San Miguel de Cabrejas.
Comenzando su ruina en 1581, fue anexionada a San Pedro, desapareciendo la fábrica al finalizar el siglo, adjudicándose la piedra en subasta a los jesuitas trasladándose en 1600 las sepulturas que tenía, solemnemente y en procesión, a la capilla de San Miguel, en la colegiata.
En 1598, al plantearse la construcción de la torre colegial, ya se había solicitado permiso al obispo para derribar esta iglesia y emplear su piedra en la nueva obra.
Solo se excavó una tumba, situada en el arcén de la citada plaza, entre el Mercado de Abastos y un palacete que ocupa, hoy día, el lugar del antigua templo.
Su nombre es recordado por una de las calles que da acceso a la plaza y su santo titular dio nombre a una de las Cuadrillas en las que se hallaba dividida la ciudad.