Fue diseñada en el siglo XVI por el arquitecto Girolamo Cassar.

Los agustinos llegaron por primera vez a Malta en 1383.

Se entregó a los agustinos un nuevo terreno y una iglesia adyacente dedicada a San Marcos para construir su nuevo convento.

Los planos fueron elaborados por Girolamo Cassar y el trabajo comenzó en 1571.

La iglesia fue construida con una fachada de estilo renacentista, única en Malta.