Stuyvesant murió en 1672 y fue enterrado en una bóveda debajo de la capilla.

Para 1807, la iglesia tenía hasta doscientos fieles en sus servicios de verano, con 70 durante el invierno.

[3]​ A principios del siglo XX Ernest Flagg diseñó la rectoría.

En general, mientras que el siglo XIX vio crecer a la Iglesia de San Marcos, el siglo XX estuvo marcado por el servicio comunitario y la expansión cultural.

Citizens to Save St Mark's se fundó para recaudar fondos para su reconstrucción y Preservation Youth Project emprendió la reconstrucción supervisada por el arquitecto Harold Edelman y los artesanos proporcionados por el contratista de conservación I. Maas & Sons.